La Confédération Memur-Sen est dotée de commissions pour les jeunes, les femmes, les handicapés et les retraités afin de susciter l'implication du plus grand nombre de militantes et militants dans l'action syndicale et favoriser une prise de conscience des enjeux pour élargir les solidarités. 

Commission jeunesse: La Commission Jeunesse de la confédération Memur-Sen est une commission thématique qui a pour objet de réfléchir sur les questions concernant la jeunesse, de promouvoir et soutenir les actions menées par Memur-Sen, les associations de jeunes, et leurs partenaires. Elle est un espace d'échange et d'action ouverte à tous les intéressés. 

Commission de la condition de la femme: Dédiée exclusivement à la promotion de l'égalité des sexes et de l'autonomisation des femmes, la Commission de la condition de la femme joue un rôle important dans la promotion des droits des femmes. Elle reflète la réalité vécue par les femmes et contribue à l'égalité hommes-femmes et à l'autonomisation des femmes à tous les niveaux.
 

Commission des travailleurs en situation de handicap: L’intégration professionnelle durable des travailleurs handicapés est devenue un enjeu sociétal. Il importe de changer les mentalités et d’accepter l’autre dans ses différences, quelle que soit la situation conjoncturelle. La Commission des travailleurs en situation de handicap a pour mission de veiller à la prise de conscience des enjeux relatifs aux droits des agents titulaires de la fonction publique en situation de handicap et de conduire la réflexion sur les actions de lutte contre l’exclusion. La Commission réalise périodiquement et diffuse (notamment sur son site Internet) un livret d’information sur les droits des travailleurs handicapées et sur la lutte contre la maltraitance. 

Commission des retraités: La Commission  des retraités est chargée de veiller à la mise en œuvre des dispositions règlementaires en vue de garantir l'avenir et la justice du système de retraite. La Commission prépare, propose et organise les actions revendicatives d’initiative nationale, en concertation avec les dirigeants de la Confédération. La Commssion des Retraités conduit également la réflexion sur les actions possibles de lutte contre l’exclusion.